第二部分主要集中在红宫,红宫建于1690年,当时,清康熙帝还特意从内地派了100余名汉、满、蒙工匠进藏,参与扩建布达拉宫这一浩大的工程。红宫的主体建筑是各类佛堂和达赖喇嘛的灵塔。宫内有8座存放各世达赖喇嘛法体的灵塔,其中以五世达赖喇嘛的灵塔最大,最华丽,高14.85米,塔身用金皮包裹,镶珠嵌玉,据说共用黄金11万余两,珍珠、宝石、珊瑚、琥珀、玛瑙等18677颗。红宫中最大殿堂“司西平措”(西大殿)面积725米,殿内正中上方高悬乾隆所赐“涌莲初地”匾额,设有达赖喇嘛宝座。殿中还存有清康熙帝赠送的大型锦帐一对,是布达拉宫的珍宝之一。殊胜三界殿是红宫最高的殿堂,一旁的经书架上,还置放着雍正皇帝赐与七世达赖喇嘛的北京版《丹珠尔》经书。红宫最西是十三世达赖喇嘛灵塔殿,高14米,传说殿内的坛城是用20万余颗珍珠串缀而成的。布达拉宫内部精美豪华的装饰一方面是藏族艺术的宝库,另一方面也折射出旧西藏贵族与占人口95%以上的农奴之间的巨大差别。红宫主要是宗教活动场所和灵塔祀殿,而白宫是达赖喇嘛的居室和政治活动中心。红白两色浑然一体,充分体现了旧西藏政教合一的社会特征。自从白宫落成后,五世达赖喇嘛即由哲蚌寺移居这里,一直到他去世。此后的历代达赖喇嘛都将布达拉宫作为自己居住和进行宗教活动的地方,于是布达拉宫成为喇嘛及信教群众顶礼膜拜的圣地。
300余年来,布达拉宫作为西藏“政教合一”政权的中心,收藏保存了极为丰富的历史文物和工艺品,堪称西藏历史文化艺术的博物馆,其中50000多平方米色彩鲜艳、人物形象栩栩如生的壁画是布达拉宫的一绝。布达拉宫的壁画可分为4类:宗教故事;风俗民情;人物传记;历史事件。历史上布达拉宫扩建的场面被壁画生动地记录下来;文成公主进藏的壁画,再现了公元七世纪汉藏两民族和睦相处的情景;西大殿一面墙上是1652年五世达赖进京觐见顺治皇帝的壁画;十三世达赖灵塔殿内,则绘有十三世达赖进京觐见光绪皇帝和慈禧太后的场面。宫中还有近千座佛塔、上万座塑像、大量的唐卡以及贝叶经、金珠尔经等珍贵文物典籍。表明历史上西藏地方政府与中央政府关系的明清两朝皇帝封赐达赖喇嘛的金册、金印、玉印、诰命等也珍藏在宫中。这些实实在的文物是中国形成多民族统一国家的历史见证。布达拉宫中还有许多华美精致的卡垫、华盖、法器、帐幔、锦锻、金银器皿,瓷器和石器等,令人眼花缭乱,叹为观止。
1951年西藏和平解放后,中央政府十分重视对布达拉宫的保护。1961年,国务院将其公布为国家重点文物保护单位,每年都拔专款维修。但是,这座雄伟的宫殿在重建后的300多年间一直没有大修,险情严重。1985年,国务院决定拔出巨款对布达拉宫进行大规模的维修,这是中华人民共和国建国以来对古代文物建筑保护投资最大的工程。