指云寺位于丽江古城西18公里拉市秣度山中,三面环山,峰峦迤俪凝翠,一面东向敞开,潋潋碧透的高原湖泊“拉市海”,槽船游弋,水鸟舒翅,波光闪烁,清气袭人。东北天际玉龙雪山半遮半现,晶莹剔透。
寺始建于清代雍正年间(1728),光绪六年(1880)重修。为丽江五大喇嘛寺首刹,文峰寺等属其子孙,丛林庙宇。相传建寺的时候,苦于找不到合适的地址,恰巧西藏的一位高僧经过丽江,变请高僧指点,高僧巡视四方,举起手中的禅杖指着西边的一片彩云,于是,从此,就在那片彩云之下建起了宝刹。所以名为指云寺。
指云寺坐西向东,二进院。有山门、佛殿、配殿、僧堂、厨库、浴室、西静。佛殿平面呈长方形,阔五间,三重檐楼阁式建筑,正中为四方形钻尖顶阁。底层为法堂,上两曾为藏经楼。六根高12米的通天京柱高耸其间,东南西北十二角雕龙画凤飞檐欲博九天。内外檐装修皆精工镂雕、彩绘。台基高达2.8米。殿宇巍峨、富丽、气势非凡。
寺周围高低错落原建有13坐禅院,现只存5院。内植奇花异卉,国家颁布的云南古树名木中,仅指云寺就有5株:岩桑、银杏、槐、胭脂梅与云南樱花。其中岩桑系从西域引植,高19米,胸径1.24米,树龄260年,属珍惜植物。
近年又于寺后南侧坡头,发现奇石,刻满了梵文、藏文,经僧人识辩,内容可读的有:观音大悲咒,吉祥咒和金刚亥母咒等。整块石头有数条上下贯穿似的人工痕迹的拼接缝。村民为烧石灰用铁具沿缝撬开一角,露出缝内经文。给它披上了一层十分神秘的色彩,深深吸引往来的游客前往探奇,揭开谜底尚待时日。